在畜禽的整個生長過程中均可使用，但不同生長時期其作用效果不盡相同。動物幼體時期體內微生態平衡尚未完全建立，此時使用微生態制劑，有益菌可較快地進入體內粘附和定植，形成優勢菌群。如新生反芻動物腸道內有益微生物種群數量的增加不僅可以促進宿主動物對纖維素的消 化，而且有助于防止病原微生物侵害腸道。和其他剛出生的哺乳動物一樣，新生反芻動物的胃腸道尚未完全發育，但細菌在腸道內的定植相當迅速，出生24h出現乳酸桿菌和鏈球菌，1周齡時，整個腸道內乳酸桿菌數量達107～109cfu/g。另外在斷奶、運輸、飼料轉變、天氣突變和飼養環境惡劣等應激源刺激下，動物體內微生態平衡遭到破壞，使用微生態制劑對形成優勢種群極為有利，因此，把我益生菌的應用時機，盡早并長期飼喂，使其益生作用得到充分體現。

微生態制劑與抗酸劑同用。微生態制劑在腸內能分解碳水化合物，而產生有機酸和乳酸，降低腸道PH值，從而抑制腐敗菌，減少有毒物質的產生，以改善胃腸道的“微生態”環境。胃潰瘍者服用的抗酸劑（包括氫氧化鋁、雷尼替丁、奧美拉唑等藥物）能抑制人體正常的胃酸分泌，胃腸道PH值，使微生態制劑失效，即兩者作用相互拮抗。因此，前后需要間隔兩小時服用。

微生態制劑(Probioties)，也叫活菌制劑(Bigone)或生菌劑，是指運用微生態學原理，利用對宿主有益無害的益生菌或益生菌的促生長物質，經特殊工藝制成的制劑。

畜禽上的微生態制劑有：①乳酸菌類：嗜酸乳桿菌，嗜熱乳桿菌，雙歧桿菌，醋酸菌群。②桿菌類：枯草芽孢桿菌，納豆芽孢桿菌，地衣芽孢桿菌，臘狀芽孢桿菌，放線菌群。③ 酵母菌：作為中國專業從事酵母及酵母衍生物產品的上市公司，其飼料酵母產品同樣出色。④ 光合細菌：水產養殖中運用的光合細菌主要是光能異養型紅螺菌科的，如沼澤紅假單胞菌。⑤產酶益生素：篩選的益生素可以產酶。⑥復合菌類：發酵中藥、專業發酵處理污水、垃圾、秸稈、生物肥料、生物飼料。⑦中藥微生態飼料添加劑：活菌發酵中藥微生態、死菌中藥微生態。